Análisis de imágenes bidimensionales de electroforesis en gel de dos clones de Pseudomonas aeruginosa

Resumen

Una estrategia clásica para analizar el contenido de proteínas de una muestra biológica es la electroforesis bidimensional en gel (2D-GE). Esta técnica separa las proteínas tanto por punto isoeléctrico como por peso molecular, y se toman imágenes para análisis posteriores. Sin embargo, los análisis de imágenes 2D-GE requieren un análisis de imagen estandarizado debido a la susceptibilidad de los geles a deformarse, la presencia de manchas y rayas superpuestas, manchas borrosas y sin teñir, y otros. Esto representa una dificultad para los usuarios finales (investigadores), que demandan soluciones gratuitas y fáciles de usar. Anteriormente informamos de la estandarización de un protocolo para analizar imágenes 2D-GE, y en el estudio actual lo aplicamos a dos nuevos aislados bacterianos Pseudomonas aeruginosa C25 y C50. Primero extrajimos proteínas periplásmicas después de la exposición a antibióticos y luego realizamos un análisis 2D-GE. Las imágenes se analizaron usando nuestro protocolo estandarizado, logrando la identificación de manchas de proteína usando CellProfiler después del paso de preprocesamiento. La comparación entre cepas se realizó mediante análisis de puntos diferenciales, que reveló un patrón específico en la expresión de proteínas entre bacterias. Estos resultados ayudarán a estudiar el significado biológico de estas cepas utilizando perfiles proteómicos en diferentes condiciones.